Wyróżnia się przede wszystkim dwa rodzaje zanieczyszczeń wody:
- czynniki naturalne, wpływające np. na większe zasolenie czy podwyższoną zawartość żelaza w wodzie.
- czynniki sztuczne. W tym przypadku sprawa dotyczy przede wszystkim szkodliwego wpływu człowieka na środowisko (stąd czynniki sztuczne często określa się mianem antropogenicznych – spowodowanych przez człowieka). Są to zanieczyszczania wód ściekami, odpadami hodowlanymi, środkami chemicznymi czy odpadami komunalnymi.
